邱爱华于2013年被聘为浙江大学党委书记，同年被聘为浙江大学校长。在他担任校长期间，浙江大学在学科建设、师资队伍、国际化办学等方面取得了重大进展。
首先，在学科建设方面，邱爱华高度重视学科建设，在他的带领下，浙江大学成功进入ESI全球前1%学科排名，7个一流学科进入国家“双一流”建设行列。
其次，邱爱华在师资队伍建设方面下足功夫，实施了“卓越人才”、“百人计划”、“青年千人计划”等一系列重大人才引进和培养计划，打造了一支高水平的师资队伍。
再次，邱爱华在国际化办学方面也走在了前列，浙江大学国际化办学步伐不断加快，建立了81个国际合作机构，与全球400多所高校建立了合作关系。2019年，浙江大学被清华大学、北京大学和复旦大学等33所以及中国科学院、中国社会科学院等6个院所联合发布的“中概论文”报告评为中国高校影响力排行榜第1位。